目前，被朱由检看中并任命为副总督的人只有两个，一个是黄公辅，另一个是顾锡畴。两人都是明末重臣，六十多岁，资历老、战功多，精通兵法谋略，是真正的统帅之才。

黄公辅是万历四十四年进士，曾任监察御史、陕西督师、河南巡抚、湖广总督、兵部侍郎、兵部尚书，率军剿灭湖广、江西、河南数省叛军。历史上明亡后组织义军反清复明，但独力难支，最后兵败殉节，是一个统帅之才。

在崇祯十五年的时候，眼看崇祯皇帝昏庸、朝廷无能，黄公辅托病辞官，赋闲在家。根据资料查询，朱由检就将这个老帅扒了出来，一纸相召，让他赴京上任，出任大都督府副总督一职。平时就在大都督府专心研究改革后的明军编制、武器、战术，战时赴前线领导大军作战。

顾锡畴年龄比黄公辅低几岁，是万历四十七年进士，性格刚直，是朝中的主战派，力主练兵强国，曾任吏部主事、兵部侍郎、兵部尚书、东阁大学士、浙江都指挥使、浙江巡抚、福建总督、五军都督府右都督，同样战功卓著。因性格太刚，得罪北京朝廷无数大臣，群起攻之，崇祯帝也顶不住，于是将他削职，此时赋闲在家。明亡后在温州起兵反清，却不慎被汉奸、浙江总兵贺君尧派杀手偷袭致死。

朱由检也给顾锡畴下了旨，让他到南京出任大都督府副总督一职，跟黄公辅一起研究新时代下的明军战略战术，以备战时之用。

还有一个副总督，是朱由检的绝对心腹王承恩，他将在大都督府占据一个副总督名额。他不参与议事，但负责安排锦衣卫保护几位总督的人身安全，并向皇帝汇报大都督府的一些决议。这些保护总督们的锦衣卫人选，每一年都会更换一次。实际上，王承恩就是皇帝安插在大都督府，监视军方将领的特务头子。

大都督府之下，再设立平行的总行政部、总参谋部、总后勤部、总装备部、陆军五大军区、海军部、武警总部等部门。

在后世，各大军区都是被军委领导的对象，军区总司令的级别也没有四总部首长高。但是，在朱由检这里，将他们全部平级对待，就是为了弱化大都督府的职权，不能让这个部门凌驾于军区之上。所有的军事要害部门，都是由皇帝直接指挥管理，可以最大限度的掌控军权。

大都督府成立后，南京朝廷与军事相关的所有部门，根据相关职能并入大都督府。

兵部、五军都督府相关部门主要并入总行政部、总参谋部、总后勤部，吏部考察军方高级将领的部门和人员并入总行政部，户部主管军队预算与拨款的部门并入总后勤部，工部的武器研究室、南京兵工厂等部门并入总装备部。

还有其他一切与军队有关的日常管理部门，都从政府那边，合并到直属皇帝的大都督府里面来了。大明朝的军政事务，将进行彻底的分离，互不相关了。

当然，真正互不相关是不可能的。只是平时的日常工作，军队和政府已经不会再互相交叉到一起了。只有皇帝，才有权利对两边都进行管理和指挥。

兵部被并入大都督府，史可法出任大都督府总督，内阁副总理的职务就空缺了出来。作为这几年工部一直锐意改革，发明创造无数，并建立无数国营工厂公司为国库收入做出重大贡献的奖赏，崇祯皇帝直接任命工部尚书刘源济升任内阁副总理的职务，并继续兼任工部尚书。

从此以后，南京内阁所属的六部，就只剩下五部了，分别是吏部、礼部、户部、刑部、工部。“兵部”这一部门就从此消失在明末的历史中，其职能全部被大都督府相关部门所接替。